Question de Mme LASSARADE Florence (Gironde - Les Républicains) publiée le 14/07/2022

Mme Florence Lassarade appelle l'attention de M. le ministre de la santé et de la prévention sur le maintien et le renforcement de la surveillance épidémiologique des eaux usées. Conformément à la recommandation 2021/472 de la Commission européenne du 17 mars 2021 concernant une approche commune pour la mise en place d'une surveillance systématique de la présence du SARS-COV-2 et de ses variants dans les eaux usées de l'Union européenne, et afin de doter plus généralement la France des moyens de surveillance épidémiologique les plus efficaces, il est nécessaire de maintenir la permanence, la continuité et l'universalité du système de surveillance bactériologique et épidémiologique des réseaux d'eaux usées et de renforcer son efficacité pour la détection des variants du virus. Depuis le printemps 2020, les détections du SARS-CoV-2 ont été réalisées dans les réseaux d'eaux usées avec la technologie de réaction de polymérisation en chaîne (PCR), permettant ainsi d'anticiper de manière préventive voire prédictive la survenue de foyers épidémiques dans des centres urbains à l'échelle d'un quartier. Toutefois, le réseau national Obépine coordonnant les laboratoires d'analyses sous l'égide du ministère chargé de la santé et de la direction générale de la santé devra cesser ses activités au 31 janvier 2022 après une précédente prorogation de son mandat dans la loi n° 2021-1465 du 10 novembre 2021 portant diverses dispositions de vigilance sanitaire. La France risque ainsi de se retrouver sans système national de surveillance épidémiologique et bactériologique des eaux usées. Un tel système relève pourtant de la recommandation n° 2021/472 de la Commission européenne du 17 mars 2021, créant l'agence européenne « Health Emergency Response Authority » (HERA) pour coordonner ces réseaux de vigilance sanitaire au sein des États-membres. En outre, l'efficacité du réseau Obépine connaît une limite scientifique dans la détection des différents variants du SARS-CoV-2, rendant les technologies PCR actuelles insuffisantes dans un contexte de conjonction de souches du coronavirus. La couverture du territoire national s'avère largement insuffisante avec 1 % du réseau de stations d'épuration contrôlées par semaine. Il importe donc de concevoir un système national de surveillance épidémiologique autorisant le recours aux technologies les plus avancées et les plus adaptées. Par conséquent, elle souhaiterait savoir quelles mesures le Gouvernement entend mettre en œuvre pour maintenir et renforcer la surveillance épidémiologique des eaux usées.

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Réponse du Ministère de la santé et de la prévention publiée le 10/11/2022

Dès l'année 2020, l'analyse des eaux usées comme indicateur de la contamination par le SARS-CoV-2 d'une population a fait l'objet de nombreuses expérimentations à travers le monde. Cet indicateur comporte plusieurs intérêts tels que : la possibilité de suivre l'état de santé d'une population de manière non-invasive plutôt que lors de prélèvements individuels et à un coût plus abordable ; la disposition et le suivi de données « factuelles » pour décrire la diffusion de l'épidémie sur un territoire ; l'anticipation de la survenance d'une épidémie avant les diagnostics cliniques ; la prise en compte des personnes asymptomatiques ou qui n'ont pas été testées. Le 17 mars 2021, la Commission européenne a émis une recommandation incitant les États membres à adopter une approche commune pour la mise en place d'une surveillance de la présence du SARS-CoV-2 et de ses variants dans les eaux usées. Dans cette perspective, les ministères chargés de la santé et de l'écologie, l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) et Santé publique France ont préfiguré un système de surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées dénommé « SUM'Eau », permettant de poursuivre la surveillance épidémiologique et bactériologique des eaux usées, initiée par le réseau Obépine, appliquée au SARS-CoV-2, à ses variants et à d'autres pathogènes, dans un contexte soumis à des émergences et à des réémergences. Actuellement, de nombreux laboratoires ont la capacité de quantifier le génome de SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Cependant, ces méthodes s'appuient sur des principes analytiques très disparates et il n'existe aucune méthode « universelle », consensuelle et performante pouvant être préconisée aux laboratoires. Un travail sur l'élaboration d'un protocole normalisé sous la forme d'une norme de performance est en cours par l'Association française de normalisation. Parallèlement, le ministère de la santé et de la prévention, le ministère de la transition écologique et de la cohésion des territoires, l'ANSES et Santé publique France ont organisé le déploiement d'une étude « pilote » d'inter-comparaison des méthodes de recherche et quantification du génome de SARS-CoV-2 sur des échantillons d'eaux, sur 12 stations d'épuration du territoire national, durant 12 semaines jusqu'à l'été 2022. L'objectif de cette étude était de confronter différentes méthodes analytiques et d'identifier à son terme une méthode analytique adaptée à la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées pour la mise en œuvre d'une phase transitoire de surveillance épidémiologique à partir de juillet 2022. Ce travail, en coopération très étroite avec les agences régionales de santé, les directions départementales des territoires et en lien avec les présidents d'agglomérations concernés, permet au réseau SUM'Eau de réunir toutes les conditions en matière de gestion et de sécurité sanitaire pour la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées.

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