Question de M. MARGUERITTE David (Manche - Les Républicains) publiée le 05/06/2025
M. David Margueritte appelle l'attention de Mme la ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire concernant le financement des laboratoires publics départementaux d'analyse.
En effet, l'association des laboratoires privés Aprolab a récemment déposé une plainte auprès de la Commission européenne visant plusieurs laboratoires publics français, dont LABÉO, pôle d'analyses et de recherche interdépartemental de Normandie.
Cette plainte remet en cause les compensations financières accordées par les conseils départementaux à ces laboratoires publics, estimant qu'elles fausseraient la concurrence dans le secteur privé des analyses. Ce recours fait suite à une plainte similaire déposée en 2014, dont la procédure avait été suspendue en 2020 par la Commission européenne afin de favoriser une solution amiable entre les autorités françaises et Aprolab.
Cette solution a conduit à la mise en place, par le décret n° 2023-1358 du 28 décembre 2023 et l'arrêté du 9 février 2024, du mandat de service d'intérêt économique général (SIEG) encadrant légalement le financement et les missions de service public des laboratoires départementaux d'analyse.
Dans ce contexte, il souhaite connaître les mesures que le Gouvernement envisage de prendre, tant au niveau européen qu'au niveau national, afin de sécuriser le cadre juridique et financier de ces laboratoires, garantissant ainsi la pérennité d'un service public indispensable à nos territoires.
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Réponse du Ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire publiée le 18/09/2025
En 2014, l'association regroupant des laboratoires privés APROLAB avait déposé auprès de la Commission européenne une plainte relative aux commandes d'analyses dans le cadre des contrôles officiels effectués à la demande des autorités françaises (ministère chargé de l'agriculture) par les laboratoires départementaux d'analyses agréés. Cette plainte visait les compensations attribuées aux laboratoires d'analyse départementaux par les conseils départementaux qui, selon le plaignant, fausseraient le coût des analyses dans le domaine concurrentiel. La procédure avait été suspendue en 2020 par la direction générale (DG) de la concurrence de la Commission européenne à la faveur de la recherche d'une solution à l'amiable entre les autorités françaises et le plaignant, fondée sur la mise en place de mandats de service d'intérêt économique général (SIEG). Un courrier de la DG concurrence, relatif au dépôt par le même plaignant APROLAB de nouvelles plaintes concernant les aides d'État présumées en faveur des laboratoires départementaux d'analyses (LDA) a été adressé en février 2025 aux autorités françaises. Malgré les engagements pris avec la mise en oeuvre du mandat SIEG national laboratoires (décret n° 2023-1358 de 28 décembre 2023 et arrêté du 9 février 2024 modifié pris pour l'application de l'article R. 202-20-7 du code rural et de la pêche maritime), effective depuis 2024, le plaignant estime que les LDA continuent de percevoir des aides d'État incompatibles avec le marché intérieur de la part des collectivités locales, en particulier des conseils départementaux, sous forme de subventions d'équilibre ou autres dispositifs financiers. Ces plaintes visent en particulier les quatre laboratoires suivants : Inovalys, Labocéa, Labéo et Terana. La Commission européenne interroge les autorités françaises, d'une part, sur la mise en place du mandat SIEG national par le ministère chargé de l'agriculture et, d'autre part, sur les financements octroyés à ces laboratoires par les autorités locales. Les plaintes visent des domaines d'activité plus larges que ceux relevant de la compétence du ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire. Les analyses des eaux, pour lesquelles le marché est libéralisé, et d'autres analyses du secteur environnemental sont en effet visées par le plaignant. Il apparaît ainsi qu'à ce jour, une majorité des questions, des demandes de données financières et des griefs du plaignant portent sur les financements versés à ces laboratoires par les autorités locales, en particulier les départements. La Commission européenne est dans l'attente de réponses précises et étayées de la part des autorités françaises. Toute expertise et argumentaire juridique portant sur les financements alloués dans le passé au niveau local et tous les engagements à venir pour garantir la légalité des aides versées et formaliser les dispositifs sont de nature à permettre à la Commission européenne de mener des discussions constructives avec le plaignant. Si un doute persiste quant à la légalité des aides, la Commission sera dans l'obligation d'ouvrir une procédure formelle d'enquête qui pourrait conduire à la demande de récupération de tout ou partie des aides versées localement aux quatre laboratoires concernés depuis 2010. Le ministre de l'aménagement du territoire et de la décentralisation a ainsi été informé de cette situation et sollicité afin que la direction générale des collectivités locales (DGCL) puisse apporter un appui aux départements pour obtenir toute information utile auprès des collectivités locales et des laboratoires visés par ces nouvelles plaintes. La ministre de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire sait combien les LDA ont pris une part essentielle à la gestion des crises récentes (influenza aviaire, fièvre catarrhale ovine ou encore covid) et jouent un rôle clé dans le maillage sanitaire français, et reste mobilisée pour poursuivre la défense du réseau de LDA, en concertation avec les acteurs des territoires. La préservation du maillage territorial de ces laboratoires, qui est une garantie de réponses rapides aux évènements sanitaires, reste une priorité pour le ministère chargé de l'agriculture.
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