2. Une pluralité d'objectifs
L'objectif premier de la formation est de permettre à la marine de disposer d'un personnel jeune, qualifié et motivé dans une logique de stricte adaptation à l'emploi.
Cet objectif est premier mais il n'est pas unique : une autre caractéristique de ce système de formation est le choix de lier recrutement, formation et reconversion dans une logique d'attractivité globale.
Ce système vise à offrir des parcours de carrière complets débouchant, le cas échéant sur l'emploi civil.
De façon concrète, cela conduit à dispenser, au-delà d'un apprentissage technique, un enseignement théorique qualifiant qui présente l'avantage de conforter et d'harmoniser le bagage intellectuel des jeunes sortant du système éducatif mais aussi de permettre la valorisation de la formation reçue dans la marine par un diplôme civil : diplôme d'ingénieur, de technicien supérieur, Brevet d'enseignement professionnel ou Certificat d'aptitude professionnelle.
Ce choix conduit concrètement le système de formation de la marine à tirer globalement peu d'avantages de l'environnement offert par le système éducatif national mais à en subir assez largement les contraintes en voulant maintenir et même renforcer les équivalences.
C'est ainsi pour « tenir son rang » d'école d'ingénieurs et répondre aux exigences de la Commission des titres d'ingénieurs, qui avait formulé en 1984 un avis défavorable, que le contenu scientifique de la scolarité à l'école navale a été enrichi et qu'un institut de recherche y a été créé. Pour les mêmes raisons, l'école s'est engagée, à partir de 1998, dans le processus de Bologne (Licence, Master, Doctorat) et la scolarité à l'école navale a été portée de 2 à 3 ans à partir de 2002, ce qui se traduit par une augmentation de 7 millions d'euros, coût d'une année de scolarité, rémunérations des élèves incluses. L'école a été habilitée en 2004 à délivrer un master professionnel et a reçu une nouvelle homologation de la commission des titres d'ingénieurs en 2007.
Enfin, compte tenu de la nécessité d'occuper des emprises existantes, le système souffre parfois d'une dispersion géographique excessive qui conduit par exemple les atomiciens à changer trois fois d'affectation pour achever leur formation. Or l'éloignement et la mobilité pour raison de formation sont vécues comme une contrainte forte par les personnels, en particulier pour les formations de spécialité et entraîne des coûts supplémentaires. Il y a donc une logique au regroupement des centres de formation, au plus près des forces alors que le nombre des implantations de la marine a, il est vrai, déjà été fortement réduit.