2. Rejeté dans un premier temps par le Parlement européen
Pour devenir un « accord inter-institutionnel », nécessaire à l'approbation du budget européen, il fallait que le compromis conclu entre Etats membres le 16 décembre 2005 soit adopté par le Parlement européen.
Or, celui-ci l'a rejeté avec une très large majorité le 18 janvier 2006, dénonçant le manque d'ambition du budget proposé .
Il a critiqué la réduction des enveloppes financières destinées notamment au réseau transeuropéen de transports (RTE-T), à l'éducation, à la protection des consommateurs, à la recherche, aux relations extérieures et, s'agissant de la politique de cohésion, l'insuffisante dotation destinée à la coopération territoriale européenne.
Il a également demandé davantage de crédits pour faire face à des événements imprévus, une plus grande flexibilité pour réaffecter les sommes non utilisées et une meilleure association du Parlement européen au débat sur la révision générale du budget prévue pour 2008-2009.
Un accord sur le cadre financier de l'UE pour 2007-2013 a finalement été trouvé lors d'un « trilogue » entre le Parlement européen, le Conseil et la Commission le 4 avril 2006 . Il prévoit de porter le budget européen à 864,3 milliards d'euros (1,047 % du RNB communautaire), auxquels s'ajoutent 2 milliards d'euros hors cadre financier et une augmentation des réserves de la Banque européenne d'investissement (BEI) de 2,5 milliards d'euros. Cette augmentation limitée permet notamment d'allouer 700 millions d'euros supplémentaires à la recherche et à l'innovation, 500 millions d'euros aux réseaux transeuropéens, 800 millions d'euros à la politique étrangère et de sécurité commune et quelque 300 millions d'euros pour le volet « coopération territoriale » de la politique de cohésion.
Le Parlement européen devrait valider cet accord en séance plénière en mai 2006.